Após ser questionado pelo delegado e pelo comissário que acompanhava o depoimento, o acusado mudou a versão, afirmando que Maria Eduarda morreu por overdose de tóxico. Ele disse que a menina o forçou a entrar com ela no mato, para que ela consumisse drogas, ameaçando inventar fatos sobre ele, caso não obedecesse.
Conforme familiares, no dia do crime, ele havia buscado Maria Eduarda em casa no próprio automóvel. A prática de levar a estudante no carro particular do motorista, e não de ônibus ou kombi, à escola, acontecia eventualmente, conforme apuração policial.
A avó de Maria Eduarda relatou à polícia que a garota dizia ter medo do motorista, e que ele tinha tentado passar a mão em seus cabelos.
Segundo o Ministério Público, Maria Eduarda foi vítima do réu entre 7h e 16h30.
A investigação encaminhou perícias no telefone celular e na blusa de Maria Eduarda e em pertences do homem, para detectar a presença de material genético dos dois. O laudo da perícia apontou, além da morte por asfixia, que o réu manteve relações sexuais com a vítima sem consentimento.