A prefeitura de São Miguel das Missões conta com sete secretarias para a gestão 2025-2028, cujo trabalho iniciou na última quinta-feira. A secretária de Turismo é Rozana Fassini; secretário de Agricultura, Maurício Ewerling; secretário de Saúde, Fabiano Moraes; secretário de Administração, Charles Almeida; secretária de Educação, Jussara Bittencourt; secretário da Fazenda, Cássio Tomazi; e secretário de Obras, Gustavo Mullich. O novo prefeito de São Miguel das Missões é Rodrigo Ribas e vice, Pedro Mothci.